MirGeneDB ID | Oan-Mir-1400 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1400 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | oan-mir-1400 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | O. anatinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | O. anatinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041750.1: 19507595-19507653 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCCCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUGGCCAAAGACAUGGGCGCAUGAACAGGGAUGGACAGGGUAUGGGAGGAGACUGCAUUCUUCUGCUCAUCCCACUCCAAUCCAUCCAUGUCCCCGUUCCUACACCCCAAACUGGGCAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AAUGGCCAAAGACAUGG----| CAU A G CAG UA G ACUGCA GCG GA CA GGAUGGA GG UGGGA GAG U UGC CU GU CCUACCU CC ACCCU CUC U ACGGGUCAAACCCCACAUCCU^ CC- - A AA- UC A GUCUUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Oan-Mir-1400_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0007205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAUGGACAGGGUAUGGGAGGAG -22
Get sequence
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Mature sequence | Oan-Mir-1400_3p |
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mirBase accession | MIMAT0007206 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CAUCCCACUCCAAUCCAUCCA -59
Get sequence
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