MirGeneDB ID | Oan-Mir-1381 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1381 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | oan-mir-1381 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | O. anatinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | O. anatinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041741.1: 18817132-18817194 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCCUCGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGGGCACGCACCAUUUCCAGUGGGUUGCCUCCCUCGCCCCCUCUCCGGAGCCGUCCCCUCUGACUCACCGGUACGGGAGGUUGCGAGGUUCGCAGCUCGGGCUGGAAUAAGAAAGAUUUCUUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GCGGGCACGCACCAUUUC --| CUC CC U GA CGUCCCCUC CAGU GGGUUGC CCUCGC CCUC CCG GC \ GUCG CUCGACG GGAGCG GGAG GGC UG U UUCUUUAGAAAGAAUAAG GG^ CUU UU - A- GCCACUCAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Oan-Mir-1381_5p |
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mirBase accession | MIMAT0007120 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCCCUCGCCCCCUCUCCGGAGC -22
Get sequence
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Star sequence | Oan-Mir-1381_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0007121 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- GUACGGGAGGUUGCGAGGUUCG -63
Get sequence
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