MirGeneDB ID | Nve-Mir-9442-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9442 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Starlet sea anemone (Nematostella vectensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | nve-mir-9442 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Nve-Mir-9442-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | N. vectensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | N. vectensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000209225.1_ASM20922v1_NVE) |
NW_001834395.1: 1486808-1486856 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUAUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUGCUGAUAGAAUAGGCGGGGUGCCCCGGAAUAUCAGGAGGACGCAUUCGUUUUACGCAUGCGUCCUCGUGAUACUUCCGGUCAUUCCCAAAUGCCACCUCGCAUUUAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UCUGCUGAUAGAAUAGGC- UGCC -| G U UU GGGG CCGGAA UAUCA GAGGACGCAU CG \ CCCU GGCCUU AUAGU CUCCUGCGUA GC U AUUUACGCUCCACCGUAAA UACU C^ G C AU 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Nve-Mir-9442-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0035403 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUAUCAGGAGGACGCAUUCG -21
Get sequence
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Star sequence | Nve-Mir-9442-P1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
28- CAUGCGUCCUCGUGAUACUUC -49
Get sequence
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