MirGeneDB ID | Nve-Mir-2027 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2027 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Starlet sea anemone (Nematostella vectensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | nve-mir-2027 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | N. vectensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | N. vectensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000209225.1_ASM20922v1_NVE) |
NW_001834173.1: 295192-295244 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCGAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGAUCUUUCAAUCCGAGAGCCUUAAGGCUUGCUUGUUGGUAAUUUUGCAUCUGUUGCACAUGCGAUUUUACCAAAAUGCAAUUCUUAUGGUUCAGUGAUCAGGAACCCAAUAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CAGAUCUUUCAAUCCGA--| U GC UUG UU C GU GAGCC UAAG UUGC UUGGUAA UUGCAU U \ CUUGG AUUC AACG AACCAUU AGCGUA A U AUAACCCAAGGACUAGUGA^ U UU UAA UU C CG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Nve-Mir-2027_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0009772 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCUUGUUGGUAAUUUUGCAUCU -23
Get sequence
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Mature sequence | Nve-Mir-2027_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009773 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
30- AUGCGAUUUUACCAAAAUGCAAU -53
Get sequence
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