MirGeneDB ID | Mdo-Mir-1549 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1549 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mdo-mir-1549b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Sha-Mir-1549 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (monDom5_add) |
Un: 60423751-60423809 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCCGCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAAUAAGGACGCGUGUUUGUUCGUAACUCGCCGGGCUCGUAGGUAGAAGCUGAGUUUUGUUUUGCUUCCGCCCUGCAAGCCCGGUAGCUGGGAACAAAUUUCGCUUAGCUCCGACUGUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AGAAUAAGGACGCGUGU----| G A C C - UA UGAGUU UUGUUC UA CU GCCGGGCU GUAG G GAAGC \ AACAAG GU GA UGGCCCGA CGUC C CUUCG U UGUCAGCCUCGAUUCGCUUUA^ G C - A C GC UUUUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Mdo-Mir-1549_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0050368 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCCGGGCUCGUAGGUAGAAGC -21
Get sequence
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Mature sequence | Mdo-Mir-1549_3p |
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mirBase accession | MIMAT0050369 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UUCCGCCCUGCAAGCCCGGUAGC -59
Get sequence
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