MirGeneDB ID | Lan-Mir-190-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-190 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Lingula (Lingula anatina) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lan-Mir-190-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-190 Aga-Mir-190 Agr-Mir-190 Asu-Mir-190 Bfl-Mir-190 Bge-Mir-190 Bko-Mir-190 Bla-Mir-190 Bpl-Mir-190 Cbr-Mir-190 Cel-Mir-190 Cte-Mir-190 Dan-Mir-190 Dlo-Mir-190 Dma-Mir-190 Dme-Mir-190 Dmo-Mir-190 Dpu-Mir-190 Dsi-Mir-190 Dya-Mir-190 Eba-Mir-190 Egr-Mir-190 Esc-Mir-190 Gpa-Mir-190 Gsa-Mir-190 Hme-Mir-190 Hmi-Mir-190 Hru-Mir-190 Isc-Mir-190 Mgi-Mir-190 Mom-Mir-190 Npo-Mir-190 Obi-Mir-190 Ofu-Mir-190 Ovu-Mir-190 Pau-Mir-190 Pca-Mir-190 Pdu-Mir-190 Pfl-Mir-190 Pmi-Mir-190 Pve-Mir-190 Rph-Mir-190 Sko-Mir-190 Sma-Mir-190 Snu-Mir-190 Tca-Mir-190 Tur-Mir-190 War-Mir-190 Xbo-Mir-190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | L. anatina | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (LinAna_1.0) |
LFEI01001779: 12036-12095 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAUAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGAGAGAGAGAGGGGUGCAGUUUUCAACAAGAUAUGUUUGUAAUAUUUGGUGGUGAAUCUGAUAGUCACCAAAUAGACAACAUAUCAUGUGGAAAACUGCCAUACAACAGUCGAUUAGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGAGAGAGAGAGGGGU--| A A U AA UGAAU GCAGUUUUC ACA GAUAUGUU GU UAUUUGGUGG C CGUCAAAAG UGU CUAUACAA CA AUAAACCACU U AGAUUAGCUGACAACAUAC^ G A - G- GAUAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Lan-Mir-190-P7_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGAUAUGUUUGUAAUAUUUGGUGG -24
Get sequence
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Star sequence | Lan-Mir-190-P7_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- ACCAAAUAGACAACAUAUCAUG -60
Get sequence
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