MirGeneDB ID | Gmo-Mir-430-o34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Hsa-Mir-430-P34a Hsa-Mir-430-P34b Mml-Mir-430-P34 Pab-Mir-430-P34a Pab-Mir-430-P34b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | G. morhua | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
contig662347: 449-509 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUACUAAGGCAUGCAUUUGUCAAAAGUAUUACCCUAACAGGAGUAUUGACUUGUCUUGUUUUCAUAGAGUAAGUGCUACUUGUUGGGGUAGUUUUACUUGACUUAAACAACCUUAUCUACUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AUACUAAGGCAUGCAUUU- AAGU- -| G UGUCUUG GUCAA AUUACCCUAACAGG AGUAUU ACU U CAGUU UGAUGGGGUUGUUC UCGUGA UGA U UCAUCUAUUCCAACAAAUU CAUUU A^ A GAUACUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gmo-Mir-430-o34_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACCCUAACAGGAGUAUUGACU -21
Get sequence
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Mature sequence | Gmo-Mir-430-o34_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UAAGUGCUACUUGUUGGGGUAG -61
Get sequence
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