MirGeneDB ID | Gmo-Mir-11236 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-11236 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-11236 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | G. morhua | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | G. morhua | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_2112: 201224-201287 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUCCCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAAUUAUGGCGUUCUGGUGGUUGUGAGACCCUCCCAUCUAUCCUCUAUUUCCACAUAUACAUGUGUAGAUGGAAGUAGAAUAGCUGGGAGAGUUUCCCUCCAUCUCUCCCGUCCCUCCUAGACGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UGAAUUAUGGCGUUCUG---| UUGU C U CC CAUAUAC GUGG GAGAC CUCCCA CUAU UCUAUUUCCA A UACC CUUUG GAGGGU GAUA AGAUGAAGGU U CAGAUCCUCCCUGCCCUCUC^ UCC- A C -- AGAUGUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gmo-Mir-11236_5p |
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mirBase accession | MIMAT0044408 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCUCCCAUCUAUCCUCUAUUUCCA -24
Get sequence
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Star sequence | Gmo-Mir-11236_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0044409 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- GAAGUAGAAUAGCUGGGAGAGU -64
Get sequence
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