MirGeneDB ID | Gmo-Mir-11223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-11223 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-11223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | G. morhua | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | G. morhua | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_1549: 79250-79310 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUAGUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAGGGUAAUGAGACACACCCCCAUCCUUCUAUAGUCUGUAGACGCGUCAGGGUAAUGAGACACACCCCCUGUCCCUCUAUAGUCUGUAGACGUGUCAGGGUAAUGAGACACACUGCCGCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAGGGUAAUGAGACAC-- C--| CCU U CGCGU UAAUGA ACCC CAU UCUAUAG CUGUAGA CAGGG G UGGG GUG AGAUGUC GAUAUCU GUCCC A CCGCCGUCACACAGAGUAA ACU^ C-- U CCCU- CCACAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gmo-Mir-11223_5p |
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mirBase accession | MIMAT0044392 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUAGUCUGUAGACGCGUCAGGG -23
Get sequence
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Star sequence | Gmo-Mir-11223_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0044393 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CUGUCCCUCUAUAGUCUGUAGA -61
Get sequence
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