MirGeneDB ID | Gmo-Mir-11187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-11187 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-11187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | G. morhua | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | G. morhua | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
contig124093: 929-988 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGUCAUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUUGUCAAAGCAGUUUACUGACUCCGACACCGUCAUAACAGCCUUUGGAUCAGGAUGGUUGCCAUGACCAAGGUUUAGUUUUGACGUUGUCUUUGUUGAGAUGGACAUCAGUUUAACCAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CAUUGUCAAAGCAGUUUA- - UCC C U --| U A AGGAUG CU GAC GACA CGUCA AAC AGCCUU GG UC G GA UUG CUGU GCAGU UUG UUGGAA CC AG U ACCAAUUUGACUACAGGUA G UUU U U AU^ - - UACCGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gmo-Mir-11187_5p |
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mirBase accession | MIMAT0044345 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCGUCAUAACAGCCUUUGGAUC -22
Get sequence
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Star sequence | Gmo-Mir-11187_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0044346 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- ACCAAGGUUUAGUUUUGACGUUG -60
Get sequence
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