MirGeneDB ID | Gmo-Mir-11183 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-11183 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-11183 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | G. morhua | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | G. morhua | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_2047: 90781-90832 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCCAGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCCACGUCCCGUGGUUGGCUGCCGUUGGGCCCCAGGUAGAGCGCCUUCACCGCGGACGCUGAAGGAGCUCUACCUGGGGCCCAACGGCUCCCUCACUGCUCAGCAACACCUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CCCCACGUCCCGUGGUU--| CU G C GC GG GCCGUUGGGCCCCAGGUAGAGC CCUUCA C G CC CGGCAACCCGGGGUCCAUCUCG GGAAGU G G UCCACAACGACUCGUCACU^ CU A C CA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gmo-Mir-11183_5p |
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mirBase accession | MIMAT0044169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCCCAGGUAGAGCGCCUUCACC -22
Get sequence
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Star sequence | Gmo-Mir-11183_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0044170 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
30- UGAAGGAGCUCUACCUGGGGCC -52
Get sequence
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