MirGeneDB ID | Emu-Mir-2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2019 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Muellers freshwater sponge (Ephydatia muelleri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aqu-Mir-2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Silicispongia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Silicispongia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_013339895_Emu) |
JABACO010000009.1: 6363438-6363506 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGUGAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UACGAGUUUCCAGUGACGCCAGCGUGGUUCAAAGUGAUCGGGUUGCCGUCUGAGUACAAGGCCAUCAUGGCCUCUCACGCGGCAAGCUGCUCACUUCGAAACAACUGGCGCGCAGGAAAAAAACUGGAAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UACGAGUUUCCAGUGAC---| CG G A U G C AGUACAAGGCC GCCAG UG UUC AAGUGA CGG UUGCCGU UG \ CGGUC AC AAG UUCACU GUC AACGGCG AC A AAGGUCAAAAAAAGGACGCG^ A- A C C G C UCUCCGGUACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | This miRNA is also present in hexactinellid sponges (Sperling et al. 2010) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Emu-Mir-2019_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAAGUGAUCGGGUUGCCGUCUG -22
Get sequence
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Star sequence | Emu-Mir-2019_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
47- CGCGGCAAGCUGCUCACUUCGA -69
Get sequence
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