MirGeneDB ID | Efe-Mir-1987 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1987 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Common brandling worm (Eisenia fetida) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cte-Mir-1987 Pdu-Mir-1987 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Efe_combined) |
Efet.01.207197: 888-947 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUGCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAAAGCUCCUUGAUCGGAUUAGCUAUCGCAGAGCCUUAUGUACGGGCAUACUGUAAUCAAUCAAACCACUGCCAGACGUAAGGUUUUGCGUUUAGCCUAUCACGGAACAGCAGCUGCGUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AGAAAGCUCCUUGAUCG- UA U-| ACG UACUGUAAUC GAU GCUA CGCAGAGCCUUAUGU GGCA \ CUA CGAU GCGUUUUGGAAUGCA CCGU A UGCGUCGACGACAAGGCA UC UU^ GA- CACCAAACUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | A star has not yet been recorded from this miRNA but it is deeply conserved across annelids. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Efe-Mir-1987_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGAGCCUUAUGUACGGGCAUACU -23
Get sequence
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Mature sequence | Efe-Mir-1987_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- ACUGCCAGACGUAAGGUUUUGC -60
Get sequence
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