| MirGeneDB ID | Cja-Mir-561 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-561 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Hsa-Mir-561 Pab-Mir-561 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021920.1: 37319502-37319558 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCAAGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAAACUUCAUCCACCAGUCCUCCAGGAACAUCAAGGAUCUUAAACUUUGCUGGAUCUACAAAGACAAAGUUUAUAAUUCUUGAAGUUCCUUGGGGAAGCGUGGAUGAUCAUUUUUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGAAACUUCAUCCACCAG-- C A CU -| GGAU UCCUC AGGAAC UCAAGGAU UAAACUUUG CU C AGGGG UCCUUG AGUUCUUA AUUUGAAAC GA U AUUUUUACUAGUAGGUGCGA U A AU A^ AACA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-561_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUCAAGGAUCUUAAACUUUGCU -22
Get sequence
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| Star sequence | Cja-Mir-561_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CAAAGUUUAUAAUUCUUGAAGU -57
Get sequence
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