| MirGeneDB ID | Cja-Mir-1908 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1908 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Hsa-Mir-1908 Mml-Mir-1908 Pab-Mir-1908 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021925.1: 115597810-115597867 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGCGGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGCAGUGAGAUUUGGGGCCGGGGAUGCCGCGGCGGGGACGGCGAUUGGUCCGGAUGCGUGGUGCCACCGGCCGCCGGCUCCGCCCUGGACCCCGCCCCACAGGCCUCAUCACCUAUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCGCAGUGAGAUUUGGGGC----| AUG C A AU CCGGAUG CGGGG CCG GGCGGGG CGGCG UGGU C GCCCC GGU CCGCCUC GCCGC GCCA G AUAUCCACUACUCCGGACACCCC^ A-- C G CG CCGUGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-1908_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGCGGGGACGGCGAUUGGUC -21
Get sequence
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| Star sequence | Cja-Mir-1908_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CACCGGCCGCCGGCUCCGCCCUG -58
Get sequence
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