| MirGeneDB ID | Cel-Mir-800 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-800 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-800 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrX: 380925-380983 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GACAAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCAAAGGGUAGGAUACCGUGAACGGCGGCUGACAAUUUCCGAGUUAGGCCACUCUUAUAAUCAGUGGCCAAACUCGGAAAUUGUCUGCCGCCGUGAAAACCUACCCCUCGGAAAAUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCCAAAGGGUAGGAUACC GA--| U A CUCUUA GU ACGGCGGC GACAAUUUCCGAGUU GGCCA \ CA UGCCGCCG CUGUUAAAGGCUCAA CCGGU U UAUAAAAGGCUCCCCAUC AAAG^ U A GACUAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cel-Mir-800_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0020354 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGACAAUUUCCGAGUUAGGCCA -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Cel-Mir-800_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0004235 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GCCAAACUCGGAAAUUGUCUGC -59
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004235 TargetScanWorm: cel-miR-800 |
