MirGeneDB ID | Cel-Mir-4808 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4808 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-4808 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrX: 1872952-1873008 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCUCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUCCCCGUGUGCUUGCAUUGCUAAACAUGGUAAGAUAGAUUAGUGCUUUCAAUUAUUUCAAACGAAAGCUCUAUUCUCUCUUACAGAUAUUGAGAUCACGCAAAACAAGAUGAAAGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GCUCCCCGUGUGCUUGCAUUGCUAAACAUG--| U U U AAUUAU GUAAGA AGA UAG GCUUUC \ CAUUCU UCU AUC CGAAAG U GAAAGUAGAACAAAACGCACUAGAGUUAUAGA^ C U U CAAACU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cel-Mir-4808_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0019991 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUAAGAUAGAUUAGUGCUUUC -21
Get sequence
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Mature sequence | Cel-Mir-4808_3p |
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mirBase accession | MIMAT0019992 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AAGCUCUAUUCUCUCUUACAG -57
Get sequence
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