| MirGeneDB ID | Cel-Mir-1830 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1830 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-1830 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrII: 4371838-4371907 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUAGGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUGUUCGGUUUUCACUGUCGGUGAGUGGCCGAGGUUUCACGUUUUCUAGGCCACGCCGCAAAUAGCCAGCUUGUGGCCUAGGAAAUGAGAAAACUCGGCCACUCUUUCAGCACAUUUUUCAAAUACACGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAUGUUCGGUUUUCACU- C U-| G A ACGCCGCAAA GU GG GAGUGGCCGAG UUUC CGUUUUCUAGGCC U CG CU CUCACCGGCUC AAAG GUAAAGGAUCCGG A GCACAUAAACUUUUUACA A UU^ A A UGUUCGACCG . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-1830_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0006772 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGAGGUUUCACGUUUUCUAGGCC -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0006772 TargetScanWorm: cel-miR-1830 |
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| Mature sequence | Cel-Mir-1830_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0020778 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
47- CCUAGGAAAUGAGAAAACUCGGC -70
Get sequence
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