MirGeneDB ID | Bpl-Mir-12600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12600 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Monogonont Rotifer 1 (Brachionus plicatilis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bko-Mir-12600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Brachionus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Brachionus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Bpl_ASM1027981) |
QEOQ01000041.1: 165073-165130 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACUAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUUUGUUUCUGGAUUUAAAGCAAUCUGCGUGCCAGACUGUUCUUAGUUACGCUAGAUUAGAAUGCUGACUAGGUCGGAUUUGGUAAUAAUCCGGGUCUGUUGAAUUUCAAUUUUUUUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CUUUUGUUUCUGGAUUUAAAG - CG---- -| UU C UAGAU CA AUCUG UGCCAGA CUG CUUAGUUA GC \ GU UGGGC AUGGUUU GGC GGAUCAGU CG U UUUUUUUAACUUUAAGUU--- C CUAAUA A^ U- - UAAGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bpl-Mir-12600_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCCAGACUGUUCUUAGUUACGCU -24
Get sequence
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Mature sequence | Bpl-Mir-12600_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UGACUAGGUCGGAUUUGGUAAU -58
Get sequence
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