MirGeneDB ID | Bfl-Mir-4891 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4891 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bfl-mir-4891 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bla-Mir-4891 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049980.1: 2032948-2033007 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCCGGACAUUCCUCCCUUGGCUGUUUGGGAAGAUGAGCUGUUCUGCUACAGCUGCUUGUCGGACUAGCGUAACAGGACGCUCGUCUGCCCAAACAUCUGGCCACUCAUCUCCAUCUAACGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCCGGACAUUCCUCCC--|UG C A U C A GCUUG U G UGUUUGGG AGAUGAGC GUUCUG UAC GCU U G C ACAAACCC UCUGCUCG CAGGAC AUG CGA C CAAUCUACCUCUACUCACC^GU U G - A - UCAGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bfl-Mir-4891_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0020480 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAGAUGAGCUGUUCUGCUACAGCU -24
Get sequence
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Mature sequence | Bfl-Mir-4891_3p |
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mirBase accession | MIMAT0020481 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CGUAACAGGACGCUCGUCUGCC -60
Get sequence
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