MirGeneDB ID | Bfl-Mir-4879 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4879 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bfl-mir-4879 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bla-Mir-4879 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NW_023365693.1: 8732-8790 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAACUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAUCCGCGUGUGUCGCUCCCUCCAGAUGUUAAACUAUCGUUCUGGGAACAGUCGCUCUUACAAGCUGUUCCCAUGGAGAUAGCUUAGCAACUUCUCCGCAACUGGCCAGAAGUCACAAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CAAUCCGCGUGUGUCGCUCCCUCC--| A A G - UCGCUC AG UGUUAA CUAUC UUC UGGGAACAG \ UC ACGAUU GAUAG AGG ACCCUUGUC U AACACUGAAGACCGGUCAACGCCUCU^ A C - U GAACAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut -1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bfl-Mir-4879_5p |
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mirBase accession | MIMAT0020462 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAAACUAUCGUUCUGGGAACAG -22
Get sequence
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Star sequence | Bfl-Mir-4879_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GUUCCCAUGGAGAUAGCUUAGC -59
Get sequence
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