MirGeneDB ID | Bfl-Mir-4874 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4874 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bfl-mir-4874 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bla-Mir-4874 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049983.1: 19101237-19101297 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUUUGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGAUAGGCAUUGCCGUUUUAUCCCCGCCCAGUUUGUAGCAUCCAGCUGAGCUGGCAGACCUGCAGCAGCUGGCUGGUUGGUGCAAACAGGGGGAGGAUGGACCUCACUUCAAGGCCAGCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGAUAGGCAUUGCCGU-- -| G A G U G GGCAGA UUUAUCC CC CCC GUUUGUA CA CCAGCU AGCU C AGGUAGG GG GGG CAAACGU GU GGUCGG UCGA C CCGACCGGAACUUCACUCC A^ - A G U - CGACGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bfl-Mir-4874_5p |
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mirBase accession | MIMAT0020453 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUUUGUAGCAUCCAGCUGAGCU -23
Get sequence
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Co-mature sequence | Bfl-Mir-4874_3p |
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mirBase accession | MIMAT0020454 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CUGGCUGGUUGGUGCAAACAGG -61
Get sequence
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