MirGeneDB ID | Bfl-Mir-4871 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4871 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bfl-mir-4871 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bla-Mir-4871 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NW_023365955.1: 83221-83283 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGAAGACUCAAGUGUUCCACCUGCUGAACUCUGAAGUACCUGUUGCCAAAGGCGCUCAUAGUGACAAACCUUUGGCACUGGUACUUUGGAGUAAAGAUGGUGACAAUUCAUCUCAUCUGCAGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UUGAAGACUCAAGUGUUC--| UG GA UG U U CGCUCAU CACC CU ACUC AAGUACC GU GCCAAAGG A GUGG GA UGAG UUCAUGG CA CGGUUUCC G GACGUCUACUCUACUUAACA^ UA AA GU U - AAACAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bfl-Mir-4871_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0020112 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUGAAGUACCUGUUGCCAAAGG -23
Get sequence
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Mature sequence | Bfl-Mir-4871_3p |
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mirBase accession | MIMAT0020113 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- UUUGGCACUGGUACUUUGGAGU -63
Get sequence
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