MirGeneDB ID | Bfl-Mir-4864 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4864 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bfl-mir-4864 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bla-Mir-4864 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049979.1: 27696682-27696744 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCCCAUGGAGUGAGCCCUGUCUCUGGUGUAGGGAGAUCACCUCAGGCGUACAGUCUUGUCAUGUAGCAUGUAGCCAGACCUGAUCUCCCUGCAGCGGCUGCAGUUCUACAGCAUGUGGAUGGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 CGCCCAUGGAGUGAGCC--| CU G CC A G GUCUUGU CUGU CUG UGUAGGGAGAUCA UC GGC UACA C GACG GGC ACGUCCCUCUAGU AG CCG AUGU A GGUAGGUGUACGACAUCUU^ UC G CC A - ACGAUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bfl-Mir-4864_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0020097 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGGAGAUCACCUCAGGCGUACA -23
Get sequence
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Mature sequence | Bfl-Mir-4864_3p |
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mirBase accession | MIMAT0020098 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- UAGCCAGACCUGAUCUCCCUGC -63
Get sequence
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