MirGeneDB ID | Bfl-Mir-4859 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-4859 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bfl-mir-4859 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bla-Mir-4859 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049979.1: 14957279-14957338 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAGCGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCCUGGACUCCAUCUUUGGCCUGUUGGAAAGCAGCGAGCAUUACGGUCAUUCUGACGCUGGAGAAUAUGACAGUAAUGCCCGCUGACUUCUAAUGGAGCUUCCUCUCAUCACUUCUGGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUCCUGGACUCCAUCUUU- -| AG A G UCUGACG GGC CUGUUGGAA CAGCG GCAUUAC GUCAU C UCG GGUAAUCUU GUCGC CGUAAUG CAGUA U AGGUCUUCACUACUCUCCU A^ CA C A UAAGAGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Bfl-Mir-4859_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0020086 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCAGCGAGCAUUACGGUCAUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Co-mature sequence | Bfl-Mir-4859_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0020087 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGACAGUAAUGCCCGCUGACUU -60
Get sequence
|