| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-12492 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12492 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bla-Mir-12492 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049982.1: 15812188-15812247 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAUGAUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAACGAGACUGCCAUUUUCCCGCGGUCGGGUACUGUGUCCUUCCAUCAUAGUGUGUUUCUAUACGUCACCAUGAUACAGGACACAGUCCCUGACUGUGGGACCAAGCACGGCCGUGGCAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAACGAGACUGCCAUUU--| U UCC A UGUUUC UCCCGCGGUCGGG ACUGUGUCCU AUCAU GUG \ AGGGUGUCAGUCC UGACACAGGA UAGUA CAC U AACGGUGCCGGCACGAACC^ C CA- C UGCAUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bfl-Mir-12492_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACUGUGUCCUUCCAUCAUAGUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Bfl-Mir-12492_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CCAUGAUACAGGACACAGUCCC -60
Get sequence
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