MirGeneDB ID | Ami-Mir-9613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9613 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-9613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. mississippiensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | A. mississippiensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017713513.1: 10617025-10617088 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUGGCGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGUAGAGCCACAAUCUGCUCCUUGCUUUUUUCUGCAACAGGUGCCAGUUCACUGCUCUGUAGUUUCUGUGGAACUGGCGUCCGUUGCAGGGAUGUGCGGGGAGCGUCCACCCAUCCUGCUCCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGUAGAGCCACAAUCU--| UUU UU A - ACUGCUCUG GCUCCUUGC U CUGCAAC GG UGCCAGUUC U CGAGGGGCG A GACGUUG CC GCGGUCAAG A CCCUCGUCCUACCCACCUG^ UGU GG - U GUGUCUUUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ami-Mir-9613_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0038370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUCUGCAACAGGUGCCAGUUC -21
Get sequence
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Mature sequence | Ami-Mir-9613_3p |
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mirBase accession | MIMAT0038371 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- ACUGGCGUCCGUUGCAGGGAU -64
Get sequence
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