MirGeneDB ID | Ami-Mir-9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9606 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. mississippiensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | A. mississippiensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017709534.1: 102312-102374 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGGAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAACCAUAAACUUCCUGUGGAAUGCAGAGGCAAGGAUUUCUUAGGGUGAUAUCUUUUAAUUAUCUUUUCUUAUCACUCUAAUAAAUCCUUGCCUCUUCGACACCAUCAUUUCUGCACCUGACUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UAACCAUAAACUUCCUG- AA-| C C AUCUUUUAAU UGG UG AGAGGCAAGGAUUU UUAGGGUGAU \ ACC GC UCUCCGUUCCUAAA AAUCUCACUA U UCAGUCCACGUCUUUACU ACA^ U U UUCUUUUCUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Mir-9606_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038356 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAAGGAUUUCUUAGGGUGAU -20
Get sequence
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Co-mature sequence | Ami-Mir-9606_3p |
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mirBase accession | MIMAT0038357 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UCACUCUAAUAAAUCCUUGCC -63
Get sequence
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