MirGeneDB ID | Ami-Mir-9605 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9605 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-9605 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. mississippiensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | A. mississippiensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017708624.1: 22946239-22946295 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAGUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGAAAAACAGUGUGUCCCAAAUACACUGCUGGAGUCAGUGGGUACAAGUCUGUGGAGCUGAUAGAGUUGUACAUGUUGACACAAGCAGUGAAUUUGGCCGAGCUUUCAAGAUGAAAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AUGAAAAACAGUGUGUC--| A GGA GU G G GUGGA CCAAAU CACUGCU GUCA G GUACAA UCU \ GGUUUA GUGACGA CAGU U CAUGUU AGA G AAAGUAGAACUUUCGAGCC^ A ACA UG A G UAGUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Mir-9605_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038354 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAGUCAGUGGGUACAAGUCU -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Ami-Mir-9605_3p |
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mirBase accession | MIMAT0038355 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AGUUGUACAUGUUGACACAAGC -57
Get sequence
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