MirGeneDB ID | Ami-Mir-9602 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9602 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-9602 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. mississippiensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | A. mississippiensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017711568.1: 18043998-18044060 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGUUUCACACACGUGGGGUCAGGAGGGCAGGGCAGCCUGACUCGCAGCAGAGAGCUGAUGCCUGUACCUGUGCUGAGGGUCAGGCUGGACUGCAGCCACCCUGGCUCGCUCCAUGCAAACCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 ACGUUUCACACACGUGGGG AG ---| GG G G GAGCUGAU UCAGG GGC AG CAGCCUGACUC CAGCA A \ GGUCC CCG UC GUCGGACUGGG GUCGU U G CCCAAACGUACCUCGCUC- CA ACG^ AG A G CCAUGUCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Mir-9602_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038348 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGCAGCCUGACUCGCAGCAGA -22
Get sequence
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Star sequence | Ami-Mir-9602_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038349 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- UGCUGAGGGUCAGGCUGGACUG -63
Get sequence
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