MirGeneDB ID | Ami-Mir-9600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9600 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-9600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. mississippiensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | A. mississippiensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017708881.1: 14436153-14436212 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUAGACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAGCAGUGUCUUACUGGGUUGGGAGAGGUUUUAGACAAGCUGUUGAGCCCAGUGGAAGAGCACUUCAUGGCCAAUAGUUUGUCUAAAAUCUCUCCCAACCAUGCACUUGGUCCAAUAAAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GGAGCAGUGUCUUACUG--| A CAGUGGAAG GGUUGGGAGAGGUUUUAGACAAGCUGUUG GCC \ CCAACCCUCUCUAAAAUCUGUUUGAUAAC CGG A AAAUAACCUGGUUCACGUA^ - UACUUCACG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Mir-9600_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038344 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUAGACAAGCUGUUGAGCCCAG -23
Get sequence
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Co-mature sequence | Ami-Mir-9600_3p |
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mirBase accession | MIMAT0038345 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AUGGCCAAUAGUUUGUCUAAAAU -60
Get sequence
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