| MirGeneDB ID | Ami-Mir-9599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9599 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-9599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. mississippiensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | A. mississippiensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017711096.1: 834252-834312 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUUUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAUGGACAUUUUCAGAGGAAGGCAGGGUAGCUUUGCACCUUACAGACUAACCAAAGUAGACAUAUUGGUUAAUCUAUAGGUGCAAAUCGACCUUGCCUUCUAUUUGACAUCAGACUCGCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAUGGACAUUUUCAGA--| AGC UAC C AAAGUA GGAAGGCAGGGU UUUGCACCU AGA UAACC G UCUUCCGUUCCA AAACGUGGA UCU AUUGG A ACGCUCAGACUACAGUUUA^ GCU UA- A UUAUAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ami-Mir-9599_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUUUGCACCUUACAGACUAACC -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Ami-Mir-9599_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038343 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UUAAUCUAUAGGUGCAAAUCGA -61
Get sequence
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