MirGeneDB ID | Ami-Mir-9598 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9598 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-9598 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. mississippiensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | A. mississippiensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017712978.1: 1774372-1774428 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUACUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGUCUACACCCUCUUCCCUUCUCCCCCCCCUUUCAAAAUUCUAGAUCUGCCUAUGGGCAUGGGUAGUACUAGGAUUUUGGAAAGGGGGUGGGAGGGCACAUGGUGAGGUGCAUCAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CUGUCUACACCCUCUUCCC- - -| AU UAUG UUCUCCC CCCCCUUU CAAAAUUCUAG CUGCC G GGGAGGG GGGGGAAA GUUUUAGGAUC GAUGG G UACUACGUGGAGUGGUACAC U G^ AU GUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ami-Mir-9598_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0038340 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUUUCAAAAUUCUAGAUCUGCC -22
Get sequence
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Mature sequence | Ami-Mir-9598_3p |
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mirBase accession | MIMAT0038341 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UAGUACUAGGAUUUUGGAAAGGG -57
Get sequence
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