| MirGeneDB ID | Ami-Mir-1677-o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1677 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-1677a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-1677-o4 Ami-Mir-1677-o5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gga-Mir-1677-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. mississippiensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Diapsida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017714194.1: 18734785-18734846 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUUCACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCCUGUAGACACAUACUGUCUCCAGGCUUGGUCCAAUGCUCAUUGAAGUCAUGGAGAAUCUUUACACUGACUUCACUGAGCUUUGGACCAGGUUUCAUGAGAACUCAACCAAGAAAAUAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUCCUGUAGACACAUACUG C--| U U UGGAGAA UCUC AGGCUUGGUCCAA GCUCA UGAAGUCA U AGAG UUUGGACCAGGUU CGAGU ACUUCAGU C UAAUAAAAGAACCAACUCA UAC^ U C CACAUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-1677-o3_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUCCAAUGCUCAUUGAAGUCA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ami-Mir-1677-o3_3p (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0038319 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACUUCACUGAGCUUUGGACCAG -62
Get sequence
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