MirGeneDB ID | Tgu-Mir-430-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tgu-Mir-430-P2 Tgu-Mir-430-P3 Tgu-Mir-430-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-430-P1 Ami-Mir-430-P1 Bta-Mir-430-P1 Cfa-Mir-430-P1 Cli-Mir-430-P1 Cmi-Mir-430-P1 Cpi-Mir-430-P1 Cpo-Mir-430-P1 Dno-Mir-430-P1 Dre-Mir-430-o1a Dre-Mir-430-o1b1 Dre-Mir-430-o1b2 Dre-Mir-430-o1b3 Dre-Mir-430-o1b4 Dre-Mir-430-o1b5 Dre-Mir-430-o1b6 Dre-Mir-430-o1b7 Dre-Mir-430-o1b8 Dre-Mir-430-o1c Dre-Mir-430-o1d1 Dre-Mir-430-o1d2 Dre-Mir-430-o1d3 Dre-Mir-430-o1d4 Dre-Mir-430-o1d5 Dre-Mir-430-o1d6 Dre-Mir-430-o1d7 Dre-Mir-430-o1e1 Dre-Mir-430-o1e2 Dre-Mir-430-o1e3 Ete-Mir-430-P1 Gga-Mir-430-P1 Hsa-Mir-430-P1 Mdo-Mir-430-P1 Mml-Mir-430-P1 Mmu-Mir-430-P1 Mun-Mir-430-P1 Oan-Mir-430-P1 Ocu-Mir-430-P1 Rno-Mir-430-P1 Sha-Mir-430-P1 Spt-Mir-430-P1 Sto-Mir-430-P1 Xla-Mir-430-P1a Xla-Mir-430-P1b Xtr-Mir-430-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (TaeGut1_add) |
4: 66548154-66548214 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AACUUUUUUUUUUUUUUGUGGACCCCUUUUACUUUACCAUGGAGGUGCUUUCUGUGACAUAGAAAAAGUAAGUGCUUCCAUGUUUUAGUAGAGGUGAAUCCUGAUCGCAAUCCGGGAUUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AACUUUUUUUUUUUUUUGU- CCC-| UUAC UG U GUGACA GGA CUUUUACU CAUGGAGG CUU CU \ CCU GGAGAUGA GUACCUUC GAA GA U UAUUAGGGCCUAACGCUAGU AAGU^ UUUU GU U AAAAGA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tgu-Mir-430-P1_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUUUACCAUGGAGGUGCUUUCU -23
Get sequence
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Mature sequence | Tgu-Mir-430-P1_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UAAGUGCUUCCAUGUUUUAGUAG -61
Get sequence
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