MirGeneDB ID | Mmu-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-19b-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-19-P1a Mmu-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-19-P2a Ami-Mir-19-P2a Bta-Mir-19-P2a Cfa-Mir-19-P2a Cli-Mir-19-P2a Cmi-Mir-19-P2a Cpi-Mir-19-P2a Cpo-Mir-19-P2a Dno-Mir-19-P2a Dre-Mir-19-P2a1 Dre-Mir-19-P2a2 Ete-Mir-19-P2a Gga-Mir-19-P2a Gja-Mir-19-P2a Gmo-Mir-19-P2a1 Gmo-Mir-19-P2a2 Hsa-Mir-19-P2a Lch-Mir-19-P2a Loc-Mir-19-P2a Mal-Mir-19-P2a1 Mal-Mir-19-P2a2 Mdo-Mir-19-P2a Mml-Mir-19-P2a Mun-Mir-19-P2a Oan-Mir-19-P2a5 Oan-Mir-19-P2a6 Ocu-Mir-19-P2a Pbv-Mir-19-P2a Rno-Mir-19-P2a Sha-Mir-19-P2a Spt-Mir-19-P2a Sto-Mir-19-P2a Tgu-Mir-19-P2a Tni-Mir-19-P2a1 Tni-Mir-19-P2a2 Xla-Mir-19-P2a3 Xla-Mir-19-P2a4 Xtr-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr14: 115044320-115044380 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2a) |
Mir-17-P1a
chr14: 115043684-115043743 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2a chr14: 115043867-115043931 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P1a chr14: 115044013-115044070 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4a chr14: 115044183-115044241 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2a chr14: 115044320-115044380 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1a chr14: 115044437-115044497 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGUCCUGUUAUUGAGCACUGGUCUAUGGUUAGUUUUGCAGGUUUGCAUCCAGCUGUAUAAUAUUCUGCUGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGACUGUGGUGGUGAAAAGUCUGUAGAGAAGUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGUCCUGUUAUUGAGCACUGGU-- - -| UC UGUAUA CUAUGGUUAGUUUUGCA GG UUUGCA CAGC \ GGUGUCAGUCAAAACGU CC AAACGU GUCG A AUGAAGAGAUGUCUGAAAAGUGGU A U^ -- UCUUAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Mmu-Mir-19-P2a_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0017065 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUUUUGCAGGUUUGCAUCCAGC -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-19b-1-5p miRDB: MIMAT0017065 |
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Mature sequence | Mmu-Mir-19-P2a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000513 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA -61
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000513 TargetScanVert: mmu-miR-19b-3p miRDB: MIMAT0000513 |