| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-19b-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-19-P1a Xtr-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-19-P2a Ami-Mir-19-P2a Bta-Mir-19-P2a Cfa-Mir-19-P2a Cli-Mir-19-P2a Cmi-Mir-19-P2a Cpi-Mir-19-P2a Cpo-Mir-19-P2a Dno-Mir-19-P2a Dre-Mir-19-P2a1 Dre-Mir-19-P2a2 Ete-Mir-19-P2a Gga-Mir-19-P2a Gja-Mir-19-P2a Gmo-Mir-19-P2a1 Gmo-Mir-19-P2a2 Hsa-Mir-19-P2a Lch-Mir-19-P2a Loc-Mir-19-P2a Mal-Mir-19-P2a1 Mal-Mir-19-P2a2 Mdo-Mir-19-P2a Mml-Mir-19-P2a Mmu-Mir-19-P2a Mun-Mir-19-P2a Oan-Mir-19-P2a5 Oan-Mir-19-P2a6 Ocu-Mir-19-P2a Pbv-Mir-19-P2a Rno-Mir-19-P2a Sha-Mir-19-P2a Spt-Mir-19-P2a Sto-Mir-19-P2a Tgu-Mir-19-P2a Tni-Mir-19-P2a1 Tni-Mir-19-P2a2 Xla-Mir-19-P2a3 Xla-Mir-19-P2a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr2: 120019867-120019928 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2a) |
Mir-92-P1a
chr2: 120019748-120019807 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a chr2: 120019867-120019928 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4a chr2: 120019995-120020054 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a chr2: 120020122-120020179 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a chr2: 120020263-120020327 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a chr2: 120020393-120020454 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUGUACCUUAAAUCUUGGUGCUUCAUGGUUAGUUUUGCAGGUUUGCAUCCAGUUGUUCUUCUGGCUCACUGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGAUUAUGGCACUUAAUCGGCAACUGAUCUGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUGUACCUUAAAUCUUG----| UU - - UC UGUUCU GUGC CAUGGUUAGUUUUGCA GG UUUGCA CAGU U CACG GUAUUAGUCAAAACGU CC AAACGU GUCA C GUGUCUAGUCAACGGCUAAUU^ -- A U -- CUCGGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-19-P2a_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUUUGCAGGUUUGCAUCCAGU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Xtr-Mir-19-P2a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003567 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA -62
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-19b |
