MirGeneDB ID | Isc-Mir-305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-305 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGUACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Deer tick (Ixodes scapularis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | isc-mir-305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-305 Asu-Mir-305 Bge-Mir-305 Cbr-Mir-305-P1 Cbr-Mir-305-P2 Cbr-Mir-305-P3 Cel-Mir-305-P1 Cel-Mir-305-P2 Csc-Mir-305 Dan-Mir-305 Dma-Mir-305 Dme-Mir-305 Dmo-Mir-305 Dpu-Mir-305 Dsi-Mir-305 Dya-Mir-305 Hme-Mir-305 Lpo-Mir-305-P4 Lpo-Mir-305-P5 Lpo-Mir-305-P6 Lpo-Mir-305-P7 Lpo-Mir-305-P8 Tca-Mir-305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Ecdysozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Ecdysozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (IscaWI) |
DS945001: 228273-228337 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-305) |
Mir-305
DS945001: 228273-228337 [-]
Ensembl
Mir-275 DS945001: 243256-243318 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGGUUUUCGUGCGGCCCAGUCACUAGUUAAUUGUACUUCAUCAGGUGCUCUGGAGUUCGGUUCGCACAACCAGGCAUCUUUUGGAGUGCAAAUGAUAAGUGGCACGAAUACGUCCAGACCAUCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGGUUUUCGUGCGGCCCA--| A A UC U AGUUCGG GUCACU GUUA UUGUACUUCA AGGUGC CUGG U CGGUGA UAGU AACGUGAGGU UCUACG GACC U GCUACCAGACCUGCAUAAGCA^ A A UU - AACACGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Isc-Mir-305_5p |
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mirBase accession | MIMAT0018920 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUUGUACUUCAUCAGGUGCUCUGG -24
Get sequence
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Star sequence | Isc-Mir-305_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- AGGCAUCUUUUGGAGUGCAAAUG -65
Get sequence
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