MirGeneDB ID | Dre-Mir-430-o2a11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dre-mir-430b-16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dre-Mir-430-o1a Dre-Mir-430-o1b1 Dre-Mir-430-o1b2 Dre-Mir-430-o1b3 Dre-Mir-430-o1b4 Dre-Mir-430-o1b5 Dre-Mir-430-o1b6 Dre-Mir-430-o1b7 Dre-Mir-430-o1b8 Dre-Mir-430-o1c Dre-Mir-430-o1d1 Dre-Mir-430-o1d2 Dre-Mir-430-o1d3 Dre-Mir-430-o1d4 Dre-Mir-430-o1d5 Dre-Mir-430-o1d6 Dre-Mir-430-o1d7 Dre-Mir-430-o1e1 Dre-Mir-430-o1e2 Dre-Mir-430-o1e3 Dre-Mir-430-o2a1 Dre-Mir-430-o2a2 Dre-Mir-430-o2a3 Dre-Mir-430-o2a4 Dre-Mir-430-o2a5 Dre-Mir-430-o2a6 Dre-Mir-430-o2a7 Dre-Mir-430-o2a8 Dre-Mir-430-o2a9 Dre-Mir-430-o2a10 Dre-Mir-430-o2a12 Dre-Mir-430-o2a13 Dre-Mir-430-o2a14 Dre-Mir-430-o2b Dre-Mir-430-o2c1 Dre-Mir-430-o2c2 Dre-Mir-430-o2c3 Dre-Mir-430-o2d1 Dre-Mir-430-o2d2 Dre-Mir-430-o3a1 Dre-Mir-430-o3a2 Dre-Mir-430-o3a3 Dre-Mir-430-o3a4 Dre-Mir-430-o3a5 Dre-Mir-430-o3a6 Dre-Mir-430-o3a7 Dre-Mir-430-o3a8 Dre-Mir-430-o3a9 Dre-Mir-430-o3a10 Dre-Mir-430-o3a11 Dre-Mir-430-o3a12 Dre-Mir-430-o3a13 Dre-Mir-430-o3a14 Dre-Mir-430-o3a15 Dre-Mir-430-o3a16 Dre-Mir-430-o3b1 Dre-Mir-430-o3b2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-430-P2 Bta-Mir-430-P2 Cfa-Mir-430-P2 Cli-Mir-430-P2 Cmi-Mir-430-P2 Cpi-Mir-430-P2 Cpo-Mir-430-P2 Dno-Mir-430-P2 Ete-Mir-430-P2 Gga-Mir-430-P2 Hsa-Mir-430-P2 Mdo-Mir-430-P2 Mml-Mir-430-P2 Mmu-Mir-430-P2 Oan-Mir-430-P2 Ocu-Mir-430-P2 Sha-Mir-430-P2 Spt-Mir-430-P2 Sto-Mir-430-P2 Tgu-Mir-430-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | D. rerio | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr4: 28705971-28706029 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-o2a11) |
Mir-430-o3a1
chr4: 28693379-28693437 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-430-o2b chr4: 28693640-28693698 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o1d1 chr4: 28693846-28693904 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o3a2 chr4: 28693983-28694041 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o2a1 chr4: 28694231-28694289 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o1b1 chr4: 28694962-28695020 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o3a3 chr4: 28695121-28695179 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o2a2 chr4: 28695382-28695440 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o1d2 chr4: 28695588-28695646 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o3a4 chr4: 28695725-28695783 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o2a3 chr4: 28695972-28696030 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o1b2 chr4: 28696703-28696761 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o3a5 chr4: 28696862-28696920 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o2c1 chr4: 28697123-28697181 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o1d3 chr4: 28697329-28697387 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o3a6 chr4: 28697466-28697524 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o2a4 chr4: 28697727-28697785 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o1d4 chr4: 28697933-28697991 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o2d1 chr4: 28698317-28698375 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o1b3 chr4: 28699047-28699105 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o3a7 chr4: 28699206-28699264 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o2a5 chr4: 28699467-28699525 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o1e1 chr4: 28699673-28699731 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o3a16 chr4: 28699832-28699890 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o2a6 chr4: 28700079-28700137 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o1b4 chr4: 28700810-28700868 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o3a15 chr4: 28700969-28701027 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o2c2 chr4: 28701230-28701288 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o1c chr4: 28701436-28701494 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o3a14 chr4: 28701595-28701653 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o2a7 chr4: 28701856-28701914 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o1e2 chr4: 28702062-28702120 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o3a13 chr4: 28702221-28702279 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o2a14 chr4: 28702468-28702526 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o1b8 chr4: 28703199-28703257 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o2a13 chr4: 28703619-28703677 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o1d5 chr4: 28703825-28703883 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o2d2 chr4: 28704209-28704267 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o1b7 chr4: 28704939-28704997 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o2a12 chr4: 28705359-28705417 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o1e3 chr4: 28705565-28705623 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o3a12 chr4: 28705724-28705782 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o2a11 chr4: 28705971-28706029 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o1b6 chr4: 28706702-28706760 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o3a11 chr4: 28706861-28706919 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o2a10 chr4: 28707122-28707180 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o1d7 chr4: 28707328-28707386 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o3a10 chr4: 28707465-28707523 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o2a9 chr4: 28707712-28707770 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o1b5 chr4: 28708442-28708500 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o3a9 chr4: 28708601-28708659 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o2c3 chr4: 28708862-28708920 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o1d6 chr4: 28709068-28709126 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o3a8 chr4: 28709205-28709263 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o2a8 chr4: 28709466-28709524 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUUUAAUUGAUAGAAACCAGUUGAGGUCAACUCUAACUUUAGCAUCUUUCUUUUAAGCAAAGUAGAAAGUGCUAUCAAGUUGGGGUAGAUGUUUGUUGACUUAGUCACCUCUGCCCACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUUUAAUUGAUAGAAAC-- UU G A --| U UUUAA CAG GA GUC ACUCUAACUU UAGCA CUUUCU G GUU UU UAG UGGGGUUGAA AUCGU GAAAGA C CACCCGUCUCCACUGAUUCA GU G A CU^ - UGAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dre-Mir-430-o2a11_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0031928 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUCUAACUUUAGCAUCUUUCU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dre-Mir-430-o2a11_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0001424 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AAAGUGCUAUCAAGUUGGGGUAG -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-430b |