MirGeneDB ID | Cfa-Mir-542-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-542 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUGACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-542-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-542 Cpo-Mir-542 Dno-Mir-542-v2 Ete-Mir-542 Hsa-Mir-542-v2 Mml-Mir-542-v2 Mmu-Mir-542 Ocu-Mir-542-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chrX: 105178360-105178416 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-542-v2) |
Mir-450-P3
chrX: 105177287-105177344 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-450-P2 chrX: 105177456-105177512 [-] UCSC Ensembl Mir-542-v1 chrX: 105178359-105178417 [-] UCSC Ensembl Mir-542-v2 chrX: 105178360-105178416 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P2c chrX: 105183139-105183201 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c chrX: 105183436-105183494 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGGUCACAGAUGCGCAGACCUCAGACAUCUCGGGGAUCAUCAUGUCACGAGAUACCACUGUGCACUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAAGGUCUGGGAGCCACUCAUCUUCAUAGCAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGGUCACAGAUGCGCAGAC--| AUC GG UCA AUACCA CUCAGAC UCGG AUCA UGUCACGAG \ GGGUCUG AGUC UAGU ACAGUGUUC C AACGAUACUUCUACUCACCGA^ GAA AA UAG ACGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-542-v2_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGGGGAUCAUCAUGUCACGAGA -22
Get sequence
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Mature sequence | Cfa-Mir-542-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0006747 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UUGUGACAGAUUGAUAACUGAA -57
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-542 miRDB: MIMAT0006747 |