MirGeneDB ID | Cpo-Mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-542 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-542 Cfa-Mir-542-v1 Cfa-Mir-542-v2 Dno-Mir-542-v1 Dno-Mir-542-v2 Ete-Mir-542 Hsa-Mir-542-v1 Hsa-Mir-542-v2 Mml-Mir-542-v1 Mml-Mir-542-v2 Mmu-Mir-542 Ocu-Mir-542-v1 Ocu-Mir-542-v2 Rno-Mir-542-P1a Rno-Mir-542-P1b Rno-Mir-542-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_128: 2874159-2874217 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-542) |
Mir-450-P3
scaffold_128: 2872948-2873006 [-]
UCSC
Mir-450-P2 scaffold_128: 2873103-2873159 [-] UCSC Mir-450-P1 scaffold_128: 2873272-2873328 [-] UCSC Mir-542 scaffold_128: 2874159-2874217 [-] UCSC Mir-15-P2c scaffold_128: 2878959-2879021 [-] UCSC Mir-15-P1c scaffold_128: 2879319-2879377 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGGGUCAAGAAUGCAAAGACCUCAGACGUUUCGGGGAUCAUCAUGUCACCAGAUACCAUUGUGCGCUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAAGGUCUGGGAGCCACUCAUCUUCACAGCCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGGGUCAAGAAUGCAAAGAC--| G GG UCA C AUACCA CUCAGAC UUUCGG AUCA UGUCAC AG \ GGGUCUG AAAGUC UAGU ACAGUG UC U UACCGACACUUCUACUCACCGA^ G AA UAG U GCGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cpo-Mir-542_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0047341 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCGGGGAUCAUCAUGUCACCAG -22
Get sequence
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Mature sequence | Cpo-Mir-542_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UGUGACAGAUUGAUAACUGAAA -59
Get sequence
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