MirGeneDB ID | Mml-Mir-876 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-876 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGUGGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mml-mir-876 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-876 Cfa-Mir-876 Cpo-Mir-876 Dno-Mir-876 Ete-Mir-876 Hsa-Mir-876 Ocu-Mir-876 Rno-Mir-876 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rheMac8_trace) |
chr15: 54985300-54985358 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-876) |
Mir-873-v1
chr15: 54964000-54964058 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-873-v2 chr15: 54964001-54964057 [+] UCSC Ensembl Mir-876 chr15: 54985300-54985358 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGGCUUUACACAAACUGUGAAGUGCUGUGGAUUUCUUUGUGAAUCACCAUAUCUAAGCUAAUGUGGUGGUGGUUUACAAAGUAAUUCAUAGUGCUUCACAGGUGCUUCUGCAGUUGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAGGCUUUACACAAACU--| UG U AUCUAAG GUGAAG CUGUGGAUU CUUUGUGAAUCACCAU \ CACUUC GAUACUUAA GAAACAUUUGGUGGUG C UAGUUGACGUCUUCGUGGA^ GU U GUGUAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Drosha cut -2 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Mml-Mir-876_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0006519 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAUUUCUUUGUGAAUCACCAUA -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-876-5p |
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Mature sequence | Mml-Mir-876_3p |
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mirBase accession | MIMAT0006520 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UGGUGGUUUACAAAGUAAUUCA -59
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-876-3p |