| MirGeneDB ID | Gga-Mir-130-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gga-mir-454 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gga-Mir-130-P1a Gga-Mir-130-P1b Gga-Mir-130-P2a Gga-Mir-130-P2b Gga-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P3a Ami-Mir-130-P3a Cli-Mir-130-P3a Cmi-Mir-130-P3a Cpi-Mir-130-P3a Dre-Mir-130-P3a1 Gja-Mir-130-P3a Lch-Mir-130-P3a Loc-Mir-130-P3a Mal-Mir-130-P3a1 Mun-Mir-130-P3a Pbv-Mir-130-P3a Spt-Mir-130-P3a Sto-Mir-130-P3a Tgu-Mir-130-P3a Xla-Mir-130-P3a3 Xla-Mir-130-P3a4 Xtr-Mir-130-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
15: 695881-695944 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P3a) |
Mir-130-P4a
15: 694747-694807 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P3a 15: 695881-695944 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P2a 15: 702346-702408 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P1a 15: 703569-703627 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUAUCCAGCUUCCUAACCUUAAGGAUGAGACCCUAUCAAUAUUGCCUCUGCUUUUGUGCUCAGGGUAGUAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUCUUUUCUUUUGAGGGUAUUCUUCAUGGAGAGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUAUCCAGCUUCCUAA- - U ---| CU UUUGUG CCUU AAGGA GAGACCCUAU CAAUAUUGC CUGCU C GGAG UUUCU UUCUGGGAUA GUUAUAACG GAUGA U AGAGAGGUACUUCUUAUG U U UUC^ U- UGGGAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gga-Mir-130-P3a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0007291 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCCUAUCAAUAUUGCCUCUGCU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-454-5p miRDB: MIMAT0007291 |
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| Mature sequence | Gga-Mir-130-P3a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0007292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUCU -64
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-454-3p miRDB: MIMAT0007292 |
