MirGeneDB ID | Bta-Let-7-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-let-7a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Let-7-P1b Bta-Let-7-P1c Bta-Let-7-P2a1 Bta-Let-7-P2a2 Bta-Let-7-P2a3 Bta-Let-7-P2b1 Bta-Let-7-P2b2 Bta-Let-7-P2b3 Bta-Let-7-P2c1 Bta-Let-7-P2c2 Bta-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P1d Ami-Let-7-P1d Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Cfa-Let-7-P1d Cgi-Let-7 Cin-Let-7-P1 Cli-Let-7-P1d Cmi-Let-7-P1d Cpi-Let-7-P1d Cpo-Let-7-P1d Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P1d Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P1d1 Dre-Let-7-P1d2 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P1d Gga-Let-7-P1d Gja-Let-7-P1d Gmo-Let-7-P1d1 Gmo-Let-7-P1d2 Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P1d Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P1d Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P1d Mal-Let-7-P1d1 Mal-Let-7-P1d2 Mdo-Let-7-P1d Mml-Let-7-P1d Mmu-Let-7-P1d Mun-Let-7-P1d Npo-Let-7 Oan-Let-7-P1d Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P1d Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P1d Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P1d Sha-Let-7-P1d Sko-Let-7 Spt-Let-7-P1d Spu-Let-7 Sto-Let-7-P1d Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P1d Tni-Let-7-P1d1 Tni-Let-7-P1d2 Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037342.1: 32812704-32812770 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P1d) |
Mir-10-P3d
NC_037342.1: 32763913-32763974 [-]
UCSC
Ensembl
Let-7-P1d NC_037342.1: 32812704-32812770 [-] UCSC Ensembl Mir-10-P2d NC_037342.1: 32818535-32818591 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCCAGCCAUUGUGACUGCAUGCUCCCAGGUUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUAGAAUUACAUCAAGGGAGAUAACUGUACAGCCUCCUAGCUUUCCUUGGGUCUUGCACAAAGCAACAUGCCAAGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCCAGCCAUUGUGACUGCA U---| UU G U UAGAAUUACA UGC CCCAGG GAG UAG AGGUUGUAUAGUU \ ACG GGGUUC UUC AUC UCCGACAUGUCAA U AGAACCGUACAACGAAAC- UUCU^ CU G C UAGAGGGAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Bta-Let-7-P1d_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0003844 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: bta-let-7a-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Bta-Let-7-P1d_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
45- CUGUACAGCCUCCUAGCUUUCC -67
Get sequence
|