| MirGeneDB ID | Cin-Mir-4017-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4017 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cin-mir-4017-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cin-Mir-4017-P1 Cin-Mir-4017-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ci3) |
HT000042.1: 68643-68699 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4017-P2b) |
Mir-4017-P1
HT000042.1: 67380-67435 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-4017-P2a HT000042.1: 68643-68699 [+] UCSC Ensembl Mir-4017-P2b HT000042.1: 68643-68699 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUAGUCAGUAAAAUUAGUGCAUAGCGUUAAUGUGCUGUAUAUGCACUUCUAUGUAUUUAAUUUUAUAAGUGCAUGUAUGGUGCUAUUGACUCUGCACAACUAACUUCAAAUAAAACAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUAGUCAGUAAAAUUAG----| UA C - UG C UGUAU UGCA G GUUAAU G CUGUAUAUGCACUU UA U ACGU C CAGUUA C GGUAUGUACGUGAA AU U ACAAAAUAAACUUCAAUCAAC^ -- U U GU U UUUAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cin-Mir-4017-P2b_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0016524 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUGCUGUAUAUGCACUUCUA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Cin-Mir-4017-P2b_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0016525 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UAAGUGCAUGUAUGGUGCUAUU -57
Get sequence
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