MirGeneDB ID | Cfa-Mir-330-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-330 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAAAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-330-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-330-v2 Cpo-Mir-330-v2 Dno-Mir-330-v2 Ete-Mir-330-v2 Hsa-Mir-330-v2 Mml-Mir-330-v2 Mmu-Mir-330-v2 Ocu-Mir-330-v2 Rno-Mir-330-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr1: 109922155-109922218 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-330-v2) |
Mir-330-v1
chr1: 109922155-109922218 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-330-v2 chr1: 109922155-109922218 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGUGCUGUGUGAUCUUUGGCGAUCACUGCCUCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCUCUGCAAGAUCAACCGAGCAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGGCAGCGCUCCGCUCCUUACGCGGCCCCCAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CGUGCUGUGUGAUCUUU- AUCA- -- -| U AG UGCAAG GGCG CUGCCUCUCUG GGCC UGUG CUU GCUC \ UCGC GACGGAGAGAC CCGG ACAC GAA CGAG A UUACCCCCGGCGCAUUCC CUCGC GU C^ - A- CCAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-330-v2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0009893 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCUC -24
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-330 miRDB: MIMAT0009893 |
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Mature sequence | Cfa-Mir-330-v2_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- GCAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGG -64
Get sequence
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