| MirGeneDB ID | Cel-Mir-87-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-87 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cel-Mir-87-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bge-Mir-87-P1 Cbr-Mir-87-o1 Cgi-Mir-87-P1 Csc-Mir-87-P1k1 Csc-Mir-87-P1k2 Csc-Mir-87-P1l Cte-Mir-87-P1 Isc-Mir-87-P1 Lan-Mir-87-P1 Lgi-Mir-87-P1 Lpo-Mir-87-P1c Lpo-Mir-87-P1d Lpo-Mir-87-P1e Lpo-Mir-87-P1f Lpo-Mir-87-P1g Lpo-Mir-87-P1h Lpo-Mir-87-P1i Lpo-Mir-87-P1j Tca-Mir-87-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrV: 12038700-12038765 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAUCCUCAACACAGGUUGUGCCAUCCGGCCGCCUGAUACUUUCGUCUCAACCUCGCUGUCAGAUUGGUCGUAGGUGAGCAAAGUUUCAGGUGUGCCGGAACACACCCAUACUUUGCCUAAUUGGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAUCCUCAACACAGGU----| CCA - U C U A CGCUGUCA UGUG UCCGGC CGCCUGA ACUUU G CUCA CCU G ACAC AGGCCG GUGGACU UGAAA C GAGU GGA A UGGUUAAUCCGUUUCAUACCC^ A-- U U - - - UGCUGGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-87-o1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020325 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGCCUGAUACUUUCGUCUCAACCU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Cel-Mir-87-o1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000060 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- GUGAGCAAAGUUUCAGGUGUGC -66
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000060 TargetScanWorm: cel-miR-87 |
