MirGeneDB ID | Cpo-Mir-146-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-146 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGAACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-146a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-146-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-146-P4 Bta-Mir-146-P4-v1 Bta-Mir-146-P4-v2 Cfa-Mir-146-P4 Cli-Mir-146-P4 Cmi-Mir-146-P4 Cpi-Mir-146-P4 Dno-Mir-146-P4 Dre-Mir-146-P4-v1 Dre-Mir-146-P4-v2 Ebu-Mir-146 Gga-Mir-146-P4 Hsa-Mir-146-P4 Lch-Mir-146-P4 Loc-Mir-146-P4 Mdo-Mir-146-P4 Mml-Mir-146-P4 Mmu-Mir-146-P4 Mun-Mir-146-P4 Oan-Mir-146-P4 Ocu-Mir-146-P4 Pma-Mir-146 Rno-Mir-146-P4 Sha-Mir-146-P4 Spt-Mir-146-P4 Sto-Mir-146-P4 Tgu-Mir-146-P4 Xla-Mir-146-P4 Xtr-Mir-146-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_17: 7375710-7375766 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUCUGGAGACCCUGUGCGUAUCCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGGUUGUGUCAGCGUCAGACCUGUGAAAUUCAGUUCUUCAGCUGGGAUAUCUCUGUCAUCGUGGAUAGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUCUGGAGACCCUGUGC---| U UU C GUGUC GUAUCC CAGCU GAGAACUGAAUU CAUGGGUU A UAUAGG GUCGA UUCUUGACUUAA GUGUCCAG G CAGAUAGGUGCUACUGUCUC^ - C- A ACUGC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-146-P4_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGAACUGAAUUCCAUGGGUUG -23
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-146-P4_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0047017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- ACCUGUGAAAUUCAGUUCUUCA -57
Get sequence
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