MirGeneDB ID | Cfa-Mir-219-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-219 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAUUGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-219-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-219-P2 Cfa-Mir-219-P2-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-219 Aca-Mir-219-P3 Ami-Mir-219-P3 Bfl-Mir-219 Bge-Mir-219 Bla-Mir-219 Bta-Mir-219-P3 Cgi-Mir-219 Cin-Mir-219 Cmi-Mir-219-P3 Cpi-Mir-219-P3 Cpo-Mir-219-P3 Csc-Mir-219 Cte-Mir-219 Dan-Mir-219 Dma-Mir-219 Dme-Mir-219 Dmo-Mir-219 Dno-Mir-219-P3 Dpu-Mir-219 Dre-Mir-219-P3a Dsi-Mir-219 Dya-Mir-219 Esc-Mir-219 Ete-Mir-219-P3 Gja-Mir-219-P3 Gmo-Mir-219-P3a Gmo-Mir-219-P3b Hsa-Mir-219-P3 Isc-Mir-219 Lan-Mir-219 Lch-Mir-219-P3 Mal-Mir-219-P3a Mal-Mir-219-P3b Mdo-Mir-219-P3 Mml-Mir-219-P3 Mmu-Mir-219-P3 Mmu-Mir-219-P3-as Mun-Mir-219-P3-v1 Mun-Mir-219-P3-v2 Obi-Mir-219 Ocu-Mir-219-P3 Ovu-Mir-219 Pbv-Mir-219-P3 Pfl-Mir-219 Pmi-Mir-219 Rno-Mir-219-P3 Sha-Mir-219-P3 Sko-Mir-219 Spt-Mir-219-P3 Spu-Mir-219 Sto-Mir-219-P3-v1 Sto-Mir-219-P3-v2 Tca-Mir-219 Tni-Mir-219-P3a Tni-Mir-219-P3b Xbo-Mir-219 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr12: 2670928-2670991 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUCCCUCCCCCGCCCCGGGCCGCGGCUCUUGAUUGUCCAAACGCAAUUCUCGAGUCUCUGGCUCUGGCCGAGAGUUGAGUCUGGACGUCCCGAGCCGCCGCCCCCAAACCUCGAGGGGAGAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUCCCUCCCCCGCCCC---| C UU U A G AGUCUCU GGGC GCGGCUC GAU GUCCA AC CAAUUCUCG G CCCG CGCCGAG CUG CAGGU UG GUUGAGAGC G CGAGAGGGGAGCUCCAAACC^ C CC - C A CGGUCUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | The MIR-219 family shows substantial variation of arm-usage and is currently, across all species, considered a co-mature. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-219-P3_5p |
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mirBase accession | MIMAT0006611 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAUUGUCCAAACGCAAUUCUCG -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-219-5p miRDB: MIMAT0006611 |
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Co-mature sequence | Cfa-Mir-219-P3_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- AGAGUUGAGUCUGGACGUCCCGA -64
Get sequence
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