MirGeneDB ID | Cfa-Mir-21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-21 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCUUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-21 Ami-Mir-21 Bta-Mir-21 Cli-Mir-21 Cmi-Mir-21 Cpi-Mir-21 Cpo-Mir-21 Dno-Mir-21 Dre-Mir-21-P1 Dre-Mir-21-P2 Ebu-Mir-21 Ete-Mir-21 Gga-Mir-21 Gja-Mir-21 Gmo-Mir-21-P1 Gmo-Mir-21-P2 Hsa-Mir-21 Lch-Mir-21 Loc-Mir-21 Mal-Mir-21-P1 Mal-Mir-21-P2 Mdo-Mir-21 Mml-Mir-21 Mmu-Mir-21 Mun-Mir-21 Oan-Mir-21 Ocu-Mir-21 Pbv-Mir-21 Pma-Mir-21 Rno-Mir-21 Sha-Mir-21 Spt-Mir-21 Sto-Mir-21 Tgu-Mir-21 Tni-Mir-21-P1 Tni-Mir-21-P2 Xla-Mir-21-P3 Xla-Mir-21-P4 Xtr-Mir-21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr9: 34340550-34340609 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACAUCUCCAUGGCUGUACCACCUUGUCGGGUAGCUUAUCAGACUGAUGUUGACUGUUGAAUCUCAUGGCAACAGCAGUCGAUGGGCUGUCUGACAUUUUGGUAUCUUUCAUCUGACCAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACAUCUCCAUGGCUGUA--| CCU GU A A A GUUGA CCA UGUCGG AGCUUAUC GACUG UGUUG CU A GGU ACAGUC UCGGGUAG CUGAC ACAAC GG U CUACCAGUCUACUUUCUAU^ UUU UG - G - UACUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cfa-Mir-21_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0006741 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGCUUAUCAGACUGAUGUUGACU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-21 miRDB: MIMAT0006741 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cfa-Mir-21_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CAACAGCAGUCGAUGGGCUGUC -60
Get sequence
|